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    秦嶺信息港
    
標(biāo)題: 新冠病毒突變?yōu)椤案鼜?qiáng)”亞型？最新結(jié)論并不如此 [打印本頁]
    

    
作者: 防務(wù)    時(shí)間: 2020-3-13 14:19
    
標(biāo)題: 新冠病毒突變?yōu)椤案鼜?qiáng)”亞型？最新結(jié)論并不如此
          新京報(bào)快訊（記者 李玉坤）《國(guó)家科學(xué)評(píng)論》3月3日在線發(fā)布了北大生命科學(xué)院研究員陸劍等人的論文，媒體對(duì)此論文解讀稱，新冠病毒已經(jīng)突變，演化為兩個(gè)亞型，其中一個(gè)亞型“傳染性”更強(qiáng)（aggressive）。
    
! `: l7 o( M0 f          3月11日晚，記者發(fā)現(xiàn)陸劍等人已經(jīng)重新提交了手稿，在文末解釋稱，“aggressive”（具有侵略性）用詞具有誤導(dǎo)性，他們沒有關(guān)于病毒致病性的結(jié)論。- @5 Z7 e7 S1 y& b, U- Y
    
新冠病毒變異后會(huì)更有“侵略性”？1 q, G2 N5 B& n+ F8 K
    
          論文作者補(bǔ)充聲明
    
; ?5 ], ?( ~. ~; _& ]# t  v          陸劍等人研究了103個(gè)新冠病毒基因組發(fā)現(xiàn)，由于一個(gè)蛋白編碼位點(diǎn)的突變產(chǎn)生的差別，將新冠病毒毒株清晰分為兩組，被媒體稱為“亞型”。但有學(xué)者認(rèn)為，目前變異造成的差異不足以叫“亞型”，叫“分枝”（clade）比較合適。
    
' t4 A5 q" r1 |3 h0 d          陸劍等人在重新提交的論文中，做了補(bǔ)充性聲明：2 H" H  ^- H( h( ?
    
          “在我們最近發(fā)表的文章，分析結(jié)果顯示，103個(gè)SARS-CoV-2病毒基因組存在兩種不同的譜系；分別稱之為‘L’和‘S’譜系。我們用來定義L和S譜系的氨基酸位點(diǎn)位于ORF8（開放閱讀框8。所謂開放閱讀框是指是DNA序列中具有編碼蛋白質(zhì)潛能的序列——記者注。）基因，這個(gè)基因還沒有發(fā)現(xiàn)具有任何已知的重要功能?；凇甃’譜系的頻率高于譜系S的發(fā)現(xiàn)，我們將L譜系描述為‘a(chǎn)ggressive’（具有侵略性）。我們現(xiàn)在認(rèn)識(shí)到，在本研究闡述的內(nèi)容中，‘侵略性’一詞會(huì)具有誤導(dǎo)性，應(yīng)該用更精確的術(shù)語‘更高的頻率’代替。簡(jiǎn)而言之，盡管我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)譜系自然并存，但我們沒有提供任何證據(jù)支持關(guān)于SARS-CoV-2毒力或致病性的任何流行病學(xué)結(jié)論。因此，我們將在本文的印刷版本中進(jìn)行更正，以避免產(chǎn)生誤導(dǎo)?！?/font>+ a! b' z  G: L: C
    
          在此前的報(bào)道中，媒體多用“亞型”這一表述。從聲明中可以看出，陸劍等人并不認(rèn)為突變產(chǎn)生了兩個(gè)“亞型”，而是用了“譜系”這一說法。6 Q# F% R) r) r' _, X" a
    
          在論文剛公布的時(shí)候，媒體報(bào)道，“新變異出的L亞型更具傳染性”。對(duì)于這個(gè)觀點(diǎn)，陸劍等人做了重點(diǎn)更正，認(rèn)為此前用詞具有誤導(dǎo)性。
    
& q1 P; W$ d' o7 `% d/ j          新冠病毒有多愛突變？
    
. a0 e' q+ R+ K6 h$ K8 X& W          已記錄481個(gè)變異
    
$ `" t' g; |# n% z  f1 Z% |          湖北省疾控中心衛(wèi)生檢測(cè)檢驗(yàn)研究所流感參比實(shí)驗(yàn)室主任劉琳琳等人在另一篇論文中提到，根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)，新冠病毒的基因組大小從29,409bp到29,911bp不等，包括183個(gè)可變位點(diǎn)。: X) ?, m2 \% f3 i
    
          記者發(fā)現(xiàn)，截至3月12日5時(shí)，國(guó)家生物信息中心2019新型冠狀病毒信息庫(kù)中已經(jīng)記錄了482個(gè)新冠病毒的變異。" \$ z2 r' t8 I/ s# g' P
    
新型冠狀病毒信息庫(kù)記錄4種變異類型，分別是SNP（單核苷酸多性態(tài)，就是單個(gè)堿基的改變）、deletation（缺失，一個(gè)或者多個(gè)核苷酸丟失）、insertion（插入，多了一個(gè)或多個(gè)核苷酸）、indel（插入或缺失）。其中SNP最多，有461條。其次是deletation，有20條。因?yàn)樾鹿诓《臼荝NA單鏈，這種病毒SNP變異特別常見。
    
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) J$ t" Y) O2 W" |% y/ b: u, X          新冠病毒各基因的變異情況。5 \0 m& W3 ?; ]: d# \% ^
    
          陸劍等人用來定義L和S譜系的氨基酸位點(diǎn)位于ORF8（開放閱讀框8）。從新型冠狀病毒信息庫(kù)的數(shù)據(jù)來看，ORF8的變異不是最多的。并且，陸劍等人表示這個(gè)基因還沒有發(fā)現(xiàn)具有任何已知的重要功能。6 V6 |+ @, P5 A: K8 X
    
          記者了解到，S基因具有重要功能，這個(gè)基因用來生產(chǎn)S蛋白（spikeprotein，翻譯為棘突蛋白、長(zhǎng)釘?shù)鞍?、穗蛋白），棘突蛋白?huì)和病毒宿主細(xì)胞受體ACE2結(jié)合，使得病毒能夠侵入到細(xì)胞內(nèi)。) l  Y9 I$ c( N) N% i
    
          在S基因中，有一處重要突變一直是各國(guó)科學(xué)家研究的重點(diǎn)。南開大學(xué)高山等人發(fā)現(xiàn)，新冠病毒的受體結(jié)合基序中多了一個(gè)Furin蛋白酶切位點(diǎn)，這在蝙蝠冠狀病毒和穿山甲冠狀病毒中都沒有發(fā)現(xiàn)。不同于SARS等其他大部分Beta冠狀病毒，這個(gè)變異使得新冠病毒可能采用了HIV等其他病毒的類似的包裝機(jī)制，它的棘突蛋白獲得了更高的侵染細(xì)胞的效率，更具感染性。8 ]7 h' o  t" i. F" P
    
          兩個(gè)譜系有何差別？- p. L: H& |# M* @
    
          L型由S型衍化而來
    
8 \. e5 D( I. Y( `6 s% U2 N4 u          陸劍等人用完全連鎖的SNP區(qū)分了新冠病毒的兩種譜系，在103株新冠病毒病毒株中，有101株表現(xiàn)出兩個(gè)SNP之間的完全連鎖：72株表現(xiàn)出“CT”單倍型（定義為“L”型，因?yàn)槭橇涟彼岬拿艽a子），29株在這兩個(gè)位點(diǎn)表現(xiàn)出“TC”單倍型（定義為“S”型，因?yàn)槭墙z氨酸的密碼子）。由此可見，L為主要類型（占70％），S為次要類型（占30％）。
    
4 B. ?; M4 m  ]2 u          他們將新冠病毒和其他高度相關(guān)的病毒基因組比對(duì)，發(fā)現(xiàn)S譜系的核苷酸與最密切相關(guān)的病毒的同源位點(diǎn)相同，L型比S型更多，但S型實(shí)際上更“老”。不過，盡管L型是從古代S型新進(jìn)化而來的，但它在人類群體中的傳播或復(fù)制速度更快，從而導(dǎo)致其積累的突變比S型更多。
    
' k0 E$ `, G4 t! d; t& @2 I          從武漢分離出的27種病毒中，有26種（96.3％）為L(zhǎng)型，只有1種（3.7％）為S型。但是，在武漢以外地區(qū)分離出的其他73種病毒中，L型為45種（61.6％），S型為28種（38.4％）。這種比較表明，L型在武漢比其他地方普遍得多。! a0 E2 a4 H$ j' T/ g, d) |) W* q
    
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          新冠病毒分化的兩個(gè)譜系。% K% y8 b$ [8 n, E8 \
    
          劉琳琳等人做的研究，也顯示出了類似的進(jìn)化和分布關(guān)系。; c* {1 F! e& P5 c! K2 v9 a
    
          他們通過分析146個(gè)基因組，發(fā)現(xiàn)了183個(gè)替換位點(diǎn)，將新冠病毒分為80個(gè)單倍型。其中，與其祖先單倍型相比，一個(gè)被稱為H3的單倍型及其衍生的單倍型數(shù)量很大，并在湖北（尤其武漢）廣泛分布。除中國(guó)外，其他15個(gè)國(guó)家提供的65個(gè)病毒樣本被分配給43個(gè)單倍型。其中，H3衍生出來的單倍型有27種，它的兩個(gè)祖先單倍型H14衍生的單倍型11種，H15衍生的單倍型3種。
    
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* z3 g8 R& y' Q7 \" Z7 P) P: S2 U0 w# \          各單倍型之間的衍化關(guān)系。0 |: q. G0 [6 a" t+ Z
    
          值得一提的是，陸劍等人發(fā)現(xiàn)，有兩個(gè)樣本包含了S和L兩種類型，這兩個(gè)樣本都來自國(guó)外——美國(guó)和澳大利亞。他們猜測(cè)，患者可能感染了至少兩種不同的新冠病毒。
    
2 g$ Y! S0 t5 s7 P8 C; u, l0 L6 @          直接來源到底是哪種動(dòng)物？7 s2 o5 D: _; O
    
          穿山甲不太可能
    
$ a$ _" W( H5 d$ @  Y5 w+ a          陸劍等人除了研究新冠病毒的進(jìn)化外，還研究了新冠病毒的起源，著重分析了是來自蝙蝠還是穿山甲。* `( d/ n$ u8 o( x
    
          全基因組系統(tǒng)發(fā)生樹表明新冠病毒最接近蝙蝠冠狀病毒（RaTG13），其次是穿山甲相關(guān)冠狀病毒，然后是人的SARS病毒。劉琳琳等人也得出了相同的結(jié)論，基于系統(tǒng)發(fā)生樹，蝙蝠冠狀病毒（bat-RaTG13-CoV）與新冠病毒和兩個(gè)從廣東采集的穿山甲冠狀病毒的姊妹病毒的遺傳距離相對(duì)較大，穿山甲可能不是新冠病毒中間宿主。- h% J( A# B% J4 H% ~. u( u
    
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          蝙蝠、穿山甲和人類新冠病毒的遺傳距離。
    
6 y" I9 h9 q- N, y          不過，陸劍等人發(fā)現(xiàn)，盡管新冠病毒與蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒（SARSr-CoV-RaTG13）之間的基因組核苷酸差異僅4％，但中性位點(diǎn)的差異為17％，表明兩種病毒之間的差異比以前估計(jì)的要大要多。作者做了一個(gè)對(duì)比，這個(gè)差異是人與黑猩猩之間差距的14倍，是人與恒河猴之間差距的2倍。" K% y' ^) N- r: v! M3 [7 D6 O
    
          此外，有一些研究表明穿山甲可能為新冠病毒提供了部分棘突基因（上文說的S基因）。棘突蛋白受體結(jié)合域中的6個(gè)關(guān)鍵氨基酸殘基，和SARS病毒相比，新冠病毒有5個(gè)殘基都不同，并且新冠病毒與受體ACE2的結(jié)合親和力更高。蝙蝠冠狀病毒（RaTG13）也是6個(gè)中只有1個(gè)相同，但有趣的是，穿山甲冠狀病毒和新冠病毒的6個(gè)關(guān)鍵氨基酸殘基是相同的。  g6 {% S' W+ [0 c5 ?0 s. t
    
          有人提出，新冠病毒的棘突蛋白受體結(jié)合域可能是由穿山甲中最近的重組事件引起的。陸劍等人認(rèn)為，盡管棘突蛋白產(chǎn)生過重組，但新冠病毒和穿山甲冠狀病毒中相同的功能位點(diǎn)也可能是巧合的趨同進(jìn)化的結(jié)果，香港大學(xué)管軼等人在此前的論文中表達(dá)了相同的觀點(diǎn)。
    
- P7 z/ }( H7 ~. Q. d3 V* R          【主要參考論文】
    
# T! u7 P5 ]* B! ^Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2). bioRxiv2020.03.04.976662) J+ I+ V; u+ o& E0 a8 d# _
    
On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2. National Science Review, nwaa036; J+ V" l. W% s, f7 _6 X
    
          新京報(bào)記者 李玉坤/ j% n( c3 z% z; S4 E9 ~3 z. X
    
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作者: 桃李無言    時(shí)間: 2020-3-14 10:12
    





    

    

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